Alors qu'elle était supérieure de la communauté de Tours, Sainte Marie-Euphrasie a fondé une communauté contemplative, notamment pour les femmes qui étaient d'anciennes résidentes de la maison et qui souhaitaient vivre une vie contemplative. Initialement connues sous le nom de Sœurs de Sainte-Madeleine, elles continuent de vivre leur identité de sœurs contemplatives au sein d'une congrégation apostolique.

En 1829, Sainte Marie-Euphrasie se rend à Angers, en France, à la demande de l'évêque pour établir une maison dans son diocèse. Bientôt, les évêques d’autres villes ont commencé à demander aux sœurs de créer des communautés pour s’occuper des femmes et des filles de leur diocèse. Sainte Marie-Euphrasie répond volontiers à ces demandes. Pour mieux atteindre cet objectif, elle ressent le besoin d’étendre la mission partout où c’est nécessaire. Elle envisage une structure de gouvernance qui permettrait à la Congrégation de se développer à l'échelle mondiale.

Sainte Marie-Euphrasie avait besoin d'une approbation pour modifier la Congrégation afin qu'elle soit sous un gouvernement général unique. Celle-ci fut donnée par l'Église en 1835, aboutissant à la création de la nouvelle Congrégation de Notre-Dame de Charité du Bon Pasteur.

Le 3 avril 1835, elle devient la première supérieure générale de la nouvelle Congrégation. À partir de ce jour, toutes les communautés existantes et nouvelles qui le souhaitent seraient unies à la Maison Mère d'Angers, en France.